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Portrait of Dr. Fabian Kern

Fabian Kerns Nachwuchsgruppe stellt sich vor

Wir heißen Fabian und sein Team am HIPS herzlich willkommen.

Saarbrücken, 11. Juli 2022 - Eine der jüngsten Forschungsgruppen am HIPS wird von dem Bioinformatiker Dr. Fabian Kern geleitet. Seine Gruppe beschäftigt sich vor allem mit der Anwendung von Computermodellen in der Biomedizin und arbeitet unter dem Namen "Räumlich-Zeitlich aufgelöste Einzelzell-Bioinformatik". Gemeinsam mit den anderen Gruppen am HIPS will Fabian auch translationale Projekte vorantreiben.

Du hast kürzlich deine eigene Nachwuchsgruppe am HIPS gestartet. Wie war dein Start am HIPS?

Alles in allem, spitze! Ich bin begeistert von den vielen freundlichen und hilfsbereiten Menschen, die am HIPS arbeiten und konnte mich daher, wenn auch mit etwas nötiger Starthilfe, schnell einarbeiten. An dieser Stelle noch einmal ein herzliches Dankeschön an alle die mir so unkompliziert weitergeholfen haben! Und obwohl ich kein ausgebildeter Pharmazeut bin, konnte ich direkt wissenschaftliche Anknüpfungspunkte am Institut finden. Als Bioinformatiker mit naturwissenschaftlicher Promotion an der Medizinischen Fakultät habe ich bisher einige Erfahrung im Bereich der biomedizinischen Anwendungen sammeln können und freue mich nun auf die nächste Stufe, d.h. die translationale Strategie am HIPS mitzugestalten. Es war mir schon immer ein wichtiges Anliegen neue spannende Themen anzugehen, um den eigenen Horizont durch das Kennenlernen anderer Fachbereiche ständig zu erweitern.

Was sind die Hauptthemen, an denen du mit deinem Team arbeiten wirst? Warum ist das eine sinnvolle Ergänzung zu den bereits laufenden Aktivitäten am HIPS und wo siehst du Anknüpfungspunkte?

Nun ich hatte bisher das Glück, im Rahmen meiner Anstellung in der Klinischen Bioinformatik viele größere humane Sequenzierungsprojekte, hauptsächlich im Bereich Transcriptomics, begleiten und auswerten zu dürfen. Hier sehe ich Potential, den etablierten Gruppen am HIPS unser Wissen unmittelbar bereitzustellen und bei der Planung sowie Durchführung beratend zur Seite zu stehen. Inhaltlich werden wir uns der Analyse von Einzelzellsequenzierungsdaten, verstärkt auch mit räumlicher Darstellung (Spatial Transcriptomics), widmen. Das eigentlich Schöne ist, dass viele der Methoden, sowohl im Labor als auch unsere Computermodelle, ohne Weiteres auf die Fragestellungen am HIPS angewandt werden können. Gemeinsam können wir noch enorm viel von Bakterien lernen, insbesondere das Feld der Metatranskriptomik scheint mir da besonders vielversprechend.

Die Bioinformatik wird im Rahmen der fortschreitenden Erweiterung des HIPS in den kommenden Jahren deutlich wachsen – welche Chancen und Herausforderungen siehst du in diesem Prozess?

Das wird in der Tat eine spannende Herausforderung. Ich freue mich, dass bereits einige talentierte Köpfe aus der Bioinformatik ihren Weg ans HIPS gefunden haben. Wir sind darauf trainiert interdisziplinär zu arbeiten, das bedeutet auch viele Sprachen zu sprechen. An einem typischen Tag etwa treffen wir uns z.B. morgens mit Informatiker:innen und mittags mit Naturwissenschaftler:innen – das bringt oft eine ganz vielfältige Sicht auf die alltäglichen Problemstellungen. Wir haben also nun die großartige Chance, die existierenden Kompetenzen zu bündeln und wahre Innovation zu betreiben. Ich denke, dies ist auch ganz im Sinne der Strategie des Saarlandes hin zu einer zügigen technologischen Transformation. Gerade zu Beginn ist es jedoch wichtig, dass wir uns die nötige Zeit nehmen uns aufeinander einzuspielen, um genau zu verstehen, wo die individuellen Fragestellungen, Anforderungen und Fähigkeiten liegen. Darüber hinaus sind wir alle daran interessiert, das berühmte „Valley of death“ der translationalen Forschung endlich einmal zu durchqueren.

Fast pünktlich zum Start deiner eigenen Nachwuchsgruppe wurdest du jetzt mit dem Hans-und-Ruth Giessen Preis ausgezeichnet. Wie möchtest du das Preisgeld in Höhe von 20.000 € einsetzen? Eröffnen sich dir dadurch Möglichkeiten, die du sonst nicht gehabt hättest?

Ich freue mich enorm darüber, dass das vierköpfige Kuratorium der Hans-und-Ruth-Giessen-Stiftung den Projektvorschlag für meine Forschung am HIPS als förderwürdig erachtet und der Stiftung empfohlen hat. Als junger Wissenschaftler nach der Promotion steht man vor der großen Aufgabe, sich Schritt für Schritt als inhaltlich unabhängiger Forscher zu etablieren. Und Drittmittelzuwendungen sind eben ein essenzieller Teil dieses Prozesses. Daher gibt uns dieser Preis als Team ein Stück Freiheit um eigene bioinformatische Forschungsvorhaben zu verfolgen. In allererster Linie möchten wir anhand von Infektionsmodellen und Spatial Transcriptomics Ansätzen verstehen, welche zellulären Nachbarschaften für pathogene Zustände spezifisch sind. Wir sehen darin einen hervorragenden Anwendungsfall für neuronale Netze, die uns dabei helfen könnten, genetische Signaturen zu finden. An diesem Punkt treffen wir wieder auf die Kompetenz am HIPS, nämlich neue Metaboliten und Wirkstoffe zur Veränderung zellulärer Pfade zu synthetisieren. Was das Eröffnen von Möglichkeiten anbelangt, so werde ich versuchen, die Vernetzung der KI-Pharma-Forschung im Saarland weiter auszubauen. Auch verfügt die Stiftung über ein hervorragendes Alumni-Netzwerk, wovon viele Mitglieder Erfahrung im Ausland und fachliche Verbindungen, z.B. in die USA haben.

Was machst du, wenn du gerade nicht an deiner Forschung arbeitest?

Ich bin ständig dabei, die Umgebung zu entdecken und im Saarland gibt es unzählige Möglichkeiten, die Zeit in der Natur zu verbringen. Das dient mir auch als entspannender Ausgleich zum Job. In meiner Freizeit beschäftigte ich mich sehr gerne mit dem heimischen Gemüse- und Kräuterbeet. Und an den Abenden lese ich öfters über die aktuellen Entwicklungen der Astronomie – unser Universum ist und bleibt ein Rätsel, über das ich immer wieder nur staunen kann.

GRUPPENSEITE

Das Interview führten Dr. Alwin Hartman und Dr. Yannic Nonnenmacher.

Portrait of Dr. Fabian Kern

Fabian Kern
Dr. Fabian Kern © Hans-und-Ruth-Giessen-Stiftung

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