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Prof. Dr. Andreas Keller
Über
Andreas Keller studierte von 2002 bis 2006 Bioinformatik in Saarbrücken und promovierte anschließend bis 2009, ebenfalls in der Bioinformatik. Anschließend wechselte Keller in die Industrie und war unter anderem bis 2013 für Siemens Healthineers tätig. In Erlangen leitete er die Gruppe für Dignostic Innovations und habilitierte parallel in der Humangenetik des Uniklinikums Saarland. Seit 2013 ist Keller Professor für Klinische Bioinformatik an der Universität des Saarlandes und seit 2018 am HIPS assoziiert. Von 2019 bis 2021 war er Gastprofessor an der Stanford University in Kalifornien. Seit 2022 leitet er neben seiner Professur an der Universität auch die Abteilung Klinische Bioinformatik am HIPS.
Keller befasst sich in seiner Forschung mit Computer-gestützten Methoden zur Analyse von RNAs. Ein Fokus der Forschung liegt auf den regulatorischen Mechanismen nicht-kodierender RNAs und der Auswirkung verschiedener Einflussfaktoren auf das zeitlich und örtlich aufgelöste Einzelzell-Transkriptom. Ausgehend von der Erfahrung im Modellieren regulatorischer Einflüsse widmet sich Keller in seiner Abteilung am HIPS der Erforschung der Interaktion von Bakterien mit Menschen. Hierbei erforscht er den Austausch von Information und Material zwischen kommensalen und pathogenen Bakterien sowie deren Wirt. Ziel ist es, neue Naturstoffproduzenten und neue Naturstoffe zu finden, welche als Grundlage für die Entwicklung neuer Wirkstoffe dienen können. Der medizinische Schwerpunkt seiner Arbeit ist es, Alterungsprozesse und neurodegenerative Erkrankungen des Alters wie Alzheimer und Parkinson besser zu verstehen und zu beeinflussen.
2025
The PLSDB 2025 update: enhanced annotations and improved functionality for comprehensive plasmid research
Molano L, Hirsch P, Hannig M, Müller R, Keller A (2025)
Nucleic Acids Res 53 (D1): 189-DOI: 10.1093/nar/gkae1095
2024
Decoding the diagnostic and therapeutic potential of microbiota using pan-body pan-disease microbiomics
Schmartz G, Rehner J, Gund M, Keller V, Molano L, Rupf S, Hannig M, Berger T, Flockerzi E, Seitz B, …, Bals R, Keller A (2024)
Nat Commun 15 (1)DOI: 10.1038/s41467-024-52598-7
The RNA binding protein IGF2BP2/IMP2 alters the cargo of cancer cell-derived extracellular vesicles supporting tumor-associated macrophages
Mashayekhi V, Schomisch A, Rasheed S, Aparicio-Puerta E, Risch T, Yildiz D, Koch M, Both S, Ludwig N, Legroux T, …, Hoppstädter J, Kiemer A (2024)
Cell communication and signaling : CCS 22 (1)DOI: 10.1186/s12964-024-01701-y
Mibianto: ultra-efficient online microbiome analysis through k-mer based metagenomics
Hirsch P, Molano L, Engel A, Zentgraf J, Rahmann S, Hannig M, Müller R, Kern F, Keller A, Schmartz G (2024)
Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkae364
Time series of chicken stool metagenomics and egg metabolomics in changing production systems: preliminary insights from a proof-of-concept
Rosch M, Rehner J, Schmartz G, Manier S, Becker U, Müller R, Meyer M, Keller A, Becker S, Keller V (2024)
One health outlook 6 (1)DOI: 10.1186/s42522-024-00100-0
SRF transcriptionally regulates the oligodendrocyte cytoskeleton during CNS myelination
Iram T, Garcia M, Amand J, Kaur A, Atkins M, Iyer M, Lam M, Ambiel N, Jorgens D, Keller A, …, Kern F, Zuchero J (2024)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 121 (12)DOI: 10.1073/pnas.2307250121
ZEBRA: a hierarchically integrated gene expression atlas of the murine and human brain at single-cell resolution
Flotho M, Amand J, Hirsch P, Grandke F, Wyss-Coray T, Keller A, Kern F (2024)
Nucleic Acids Res 52 (D1): 1089-DOI: 10.1093/nar/gkad990
Mining the microbiota for antibiotics
Beemelmanns C, Keller A, Müller R (2024)
Nat. Microbiol. 9 (1): 13-14DOI: 10.1038/s41564-023-01568-8
2023
ABC-HuMi: the Atlas of Biosynthetic Gene Clusters in the Human Microbiome
Hirsch P, Tagirdzhanov A, Kushnareva A, Olkhovskii I, Graf S, Schmartz G, Hegemann J, Bozhüyük K, Rolf M, Keller A, Gurevich A (2023)
BookDOI: 10.1101/2023.09.18.558305
ABC-HuMi: the Atlas of Biosynthetic Gene Clusters in the Human Microbiome
Hirsch P, Tagirdzhanov A, Kushnareva A, Olkhovskii I, Graf S, Schmartz G, Hegemann J, Bozhüyük K, Müller R, Keller A, Gurevich A (2023)
Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkad1086
Zfp362 potentiates murine colonic inflammation by constraining Treg cell function rather than promoting Th17 cell differentiation
Herppich S, Hoenicke L, Kern F, Kruse F, Smout J, Greweling-Pils M, Geffers R, Burton O, Liston A, Keller A, Floess S, Huehn J (2023)
European journal of immunologyDOI: 10.1002/eji.202250270
Atlas of the aging mouse brain reveals white matter as vulnerable foci
Hahn O, Foltz A, Atkins M, Kedir B, Moran-Losada P, Guldner I, Munson C, Kern F, Pálovics R, Lu N, …, Keller A, Wyss-Coray T (2023)
CellDOI: 10.1016/j.cell.2023.07.027
Ageing-associated small RNA cargo of extracellular vesicles
Kern F, Kuhn T, Ludwig N, Simon M, Gröger L, Fabis N, Aparicio-Puerta E, Salhab A, Fehlmann T, Hahn O, …, Laschke M, Keller A (2023)
RNA biology 20 (1): 482-494DOI: 10.1080/15476286.2023.2234713
Schatztruhe Menschliches Mikrobiom: Wie Naturstoffe Uns Beeinflus...: Ingenta Connect
Schumm C, Donate P, Hegemann J, Keller A, Beemelmanns C, Müller R (2023)
Pharmakon 11 (4): 290-297DOI: 10.1691/pn.20230032
Characterizing expression changes in noncoding RNAs during aging and heterochronic parabiosis across mouse tissues
Wagner V, Kern F, Hahn O, Schaum N, Ludwig N, Fehlmann T, Engel A, Henn D, Rishik S, Isakova A, …, Wyss-Coray T, Keller A (2023)
Nat BiotechnolDOI: 10.1038/s41587-023-01751-6
miEAA 2023: updates, new functional microRNA sets and improved enrichment visualizations
Aparicio-Puerta E, Hirsch P, Schmartz G, Kern F, Fehlmann T, Keller A (2023)
Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkad392
2022
Young CSF restores oligodendrogenesis and memory in aged mice via Fgf17
Iram T, Kern F, Kaur A, Myneni S, Morningstar A, Shin H, Garcia M, Yerra L, Palovics R, Yang A, …, Zuchero J, Wyss-Coray T (2022)
Nature 605 (7910): 509-515DOI: 10.1038/s41586-022-04722-0
BusyBee Web: towards comprehensive and differential composition-based metagenomic binning
Schmartz G, Hirsch P, Amand J, Dastbaz J, Fehlmann T, Kern F, Müller R, Keller A (2022)
Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkac298
Systematic cross-biospecimen evaluation of DNA extraction kits for long- and short-read multi-metagenomic sequencing studies
Rehner J, Schmartz G, Groeger L, Dastbaz J, Ludwig N, Hannig M, Rupf S, Seitz B, Flockerzi E, Berger T, …, Keller A, Müller R (2022)
Genomics Proteomics BioinformaticsDOI: 10.1016/j.gpb.2022.05.006
PLSDB: advancing a comprehensive database of bacterial plasmids
Schmartz G, Hartung A, Hirsch P, Kern F, Fehlmann T, Müller R, Keller A (2022)
Nucleic Acids Res 50 (D1): 273-DOI: 10.1093/nar/gkab1111
2021
Towards the sustainable discovery and development of new antibiotics
Miethke M, Pieroni M, Weber T, Brönstrup M, Hammann P, Halby L, Arimondo P, Glaser P, Aigle B, Bode H, …, Moser H, Müller R (2021)
Nature reviews. Chemistry 5 (10): 726-749DOI: 10.1038/s41570-021-00313-1
Distinct Patterns of Blood Cytokines Beyond a Cytokine Storm Predict Mortality in COVID-19
Herr C, Mang S, Mozafari B, Guenther K, Speer T, Seibert M, Srikakulam S, Beisswenger C, Ritzmann F, Keller A, …, Lepper P, Bals R (2021)
Journal of inflammation research 14: 4651-4667DOI: 10.2147/JIR.S320685
miRMaster 2.0: multi-species non-coding RNA sequencing analyses at scale
Fehlmann T, Kern F, Laham O, Backes C, Solomon J, Hirsch P, Volz C, Müller R, Keller A (2021)
Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkab268
2019
Clinical Resistome Screening of 1,110 Escherichia coli Isolates Efficiently Recovers Diagnostically Relevant Antibiotic Resistance Biomarkers and Potential Novel Resistance Mechanisms
Volz C, Ramoni J, Beisken S, Galata V, Keller A, Plum A, Posch A, Müller R (2019)
Front. Microbiol. 10DOI: 10.3389/fmicb.2019.01671
2016
StructMAn: annotation of single-nucleotide polymorphisms in the structural context
Gress A, Ramensky V, Büch J, Keller A, Kalinina O (2016)
Nucleic Acids Res 44 (W1): 463-8DOI: 10.1093/nar/gkw364
BALL-SNPgp-from genetic variants toward computational diagnostics
Mueller S, Backes C, Gress A, Baumgarten N, Kalinina O, Moll A, Kohlbacher O, Meese E, Keller A (2016)
Bioinformatics (Oxford, England) 32 (12): 1888-90DOI: 10.1093/bioinformatics/btw084
2007
Evidence for the mode of action of the highly cytotoxic Streptomyces polyketide kendomycin
Elnakady Y, Rohde M, Sasse F, Backes C, Keller A, Lenhof H, Weissman K, Müller R (2007)
ChemBioChem 8 (11): 1261-1272DOI: 10.1002/cbic.200700050