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Prof. Dr. Andreas Keller

Über

Andreas Keller studierte von 2002 bis 2006 Bioinformatik in Saarbrücken und promovierte anschließend bis 2009, ebenfalls in der Bioinformatik. Anschließend wechselte Keller in die Industrie und war unter anderem bis 2013 für Siemens Healthineers tätig. In Erlangen leitete er die Gruppe für Dignostic Innovations und habilitierte parallel in der Humangenetik des Uniklinikums Saarland. Seit 2013 ist Keller Professor für Klinische Bioinformatik an der Universität des Saarlandes und seit 2018 am HIPS assoziiert. Von 2019 bis 2021 war er Gastprofessor an der Stanford University in Kalifornien. Seit 2022 leitet er neben seiner Professur an der Universität auch die Abteilung Klinische Bioinformatik am HIPS.

Keller befasst sich in seiner Forschung mit Computer-gestützten Methoden zur Analyse von RNAs. Ein Fokus der Forschung liegt auf den regulatorischen Mechanismen nicht-kodierender RNAs und der Auswirkung verschiedener Einflussfaktoren auf das zeitlich und örtlich aufgelöste Einzelzell-Transkriptom. Ausgehend von der Erfahrung im Modellieren regulatorischer Einflüsse widmet sich Keller in seiner Abteilung am HIPS der Erforschung der Interaktion von Bakterien mit Menschen. Hierbei erforscht er den Austausch von Information und Material zwischen kommensalen und pathogenen Bakterien sowie deren Wirt. Ziel ist es, neue Naturstoffproduzenten und neue Naturstoffe zu finden, welche als Grundlage für die Entwicklung neuer Wirkstoffe dienen können. Der medizinische Schwerpunkt seiner Arbeit ist es, Alterungsprozesse und neurodegenerative Erkrankungen des Alters wie Alzheimer und Parkinson besser zu verstehen und zu beeinflussen.


2025

The PLSDB 2025 update: enhanced annotations and improved functionality for comprehensive plasmid research

Molano L, Hirsch P, Hannig M, Müller R, Keller A (2025)

Nucleic Acids Res 53 (D1): 189-DOI: 10.1093/nar/gkae1095

2024

Decoding the diagnostic and therapeutic potential of microbiota using pan-body pan-disease microbiomics

Schmartz G, Rehner J, Gund M, Keller V, Molano L, Rupf S, Hannig M, Berger T, Flockerzi E, Seitz B, …, Bals R, Keller A (2024)

Nat Commun 15 (1)DOI: 10.1038/s41467-024-52598-7

The RNA binding protein IGF2BP2/IMP2 alters the cargo of cancer cell-derived extracellular vesicles supporting tumor-associated macrophages

Mashayekhi V, Schomisch A, Rasheed S, Aparicio-Puerta E, Risch T, Yildiz D, Koch M, Both S, Ludwig N, Legroux T, …, Hoppstädter J, Kiemer A (2024)

Cell communication and signaling : CCS 22 (1)DOI: 10.1186/s12964-024-01701-y

Mibianto: ultra-efficient online microbiome analysis through k-mer based metagenomics

Hirsch P, Molano L, Engel A, Zentgraf J, Rahmann S, Hannig M, Müller R, Kern F, Keller A, Schmartz G (2024)

Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkae364

Time series of chicken stool metagenomics and egg metabolomics in changing production systems: preliminary insights from a proof-of-concept

Rosch M, Rehner J, Schmartz G, Manier S, Becker U, Müller R, Meyer M, Keller A, Becker S, Keller V (2024)

One health outlook 6 (1)DOI: 10.1186/s42522-024-00100-0

SRF transcriptionally regulates the oligodendrocyte cytoskeleton during CNS myelination

Iram T, Garcia M, Amand J, Kaur A, Atkins M, Iyer M, Lam M, Ambiel N, Jorgens D, Keller A, …, Kern F, Zuchero J (2024)

Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 121 (12)DOI: 10.1073/pnas.2307250121

ZEBRA: a hierarchically integrated gene expression atlas of the murine and human brain at single-cell resolution

Flotho M, Amand J, Hirsch P, Grandke F, Wyss-Coray T, Keller A, Kern F (2024)

Nucleic Acids Res 52 (D1): 1089-DOI: 10.1093/nar/gkad990

Mining the microbiota for antibiotics

Beemelmanns C, Keller A, Müller R (2024)

Nat. Microbiol. 9 (1): 13-14DOI: 10.1038/s41564-023-01568-8

2023

ABC-HuMi: the Atlas of Biosynthetic Gene Clusters in the Human Microbiome

Hirsch P, Tagirdzhanov A, Kushnareva A, Olkhovskii I, Graf S, Schmartz G, Hegemann J, Bozhüyük K, Rolf M, Keller A, Gurevich A (2023)

BookDOI: 10.1101/2023.09.18.558305

ABC-HuMi: the Atlas of Biosynthetic Gene Clusters in the Human Microbiome

Hirsch P, Tagirdzhanov A, Kushnareva A, Olkhovskii I, Graf S, Schmartz G, Hegemann J, Bozhüyük K, Müller R, Keller A, Gurevich A (2023)

Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkad1086

Zfp362 potentiates murine colonic inflammation by constraining Treg cell function rather than promoting Th17 cell differentiation

Herppich S, Hoenicke L, Kern F, Kruse F, Smout J, Greweling-Pils M, Geffers R, Burton O, Liston A, Keller A, Floess S, Huehn J (2023)

European journal of immunologyDOI: 10.1002/eji.202250270

Atlas of the aging mouse brain reveals white matter as vulnerable foci

Hahn O, Foltz A, Atkins M, Kedir B, Moran-Losada P, Guldner I, Munson C, Kern F, Pálovics R, Lu N, …, Keller A, Wyss-Coray T (2023)

CellDOI: 10.1016/j.cell.2023.07.027

Ageing-associated small RNA cargo of extracellular vesicles

Kern F, Kuhn T, Ludwig N, Simon M, Gröger L, Fabis N, Aparicio-Puerta E, Salhab A, Fehlmann T, Hahn O, …, Laschke M, Keller A (2023)

RNA biology 20 (1): 482-494DOI: 10.1080/15476286.2023.2234713

Schatztruhe Menschliches Mikrobiom: Wie Naturstoffe Uns Beeinflus...: Ingenta Connect

Schumm C, Donate P, Hegemann J, Keller A, Beemelmanns C, Müller R (2023)

Pharmakon 11 (4): 290-297DOI: 10.1691/pn.20230032

Characterizing expression changes in noncoding RNAs during aging and heterochronic parabiosis across mouse tissues

Wagner V, Kern F, Hahn O, Schaum N, Ludwig N, Fehlmann T, Engel A, Henn D, Rishik S, Isakova A, …, Wyss-Coray T, Keller A (2023)

Nat BiotechnolDOI: 10.1038/s41587-023-01751-6

miEAA 2023: updates, new functional microRNA sets and improved enrichment visualizations

Aparicio-Puerta E, Hirsch P, Schmartz G, Kern F, Fehlmann T, Keller A (2023)

Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkad392

2022

Young CSF restores oligodendrogenesis and memory in aged mice via Fgf17

Iram T, Kern F, Kaur A, Myneni S, Morningstar A, Shin H, Garcia M, Yerra L, Palovics R, Yang A, …, Zuchero J, Wyss-Coray T (2022)

Nature 605 (7910): 509-515DOI: 10.1038/s41586-022-04722-0

BusyBee Web: towards comprehensive and differential composition-based metagenomic binning

Schmartz G, Hirsch P, Amand J, Dastbaz J, Fehlmann T, Kern F, Müller R, Keller A (2022)

Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkac298

Systematic cross-biospecimen evaluation of DNA extraction kits for long- and short-read multi-metagenomic sequencing studies

Rehner J, Schmartz G, Groeger L, Dastbaz J, Ludwig N, Hannig M, Rupf S, Seitz B, Flockerzi E, Berger T, …, Keller A, Müller R (2022)

Genomics Proteomics BioinformaticsDOI: 10.1016/j.gpb.2022.05.006

PLSDB: advancing a comprehensive database of bacterial plasmids

Schmartz G, Hartung A, Hirsch P, Kern F, Fehlmann T, Müller R, Keller A (2022)

Nucleic Acids Res 50 (D1): 273-DOI: 10.1093/nar/gkab1111

2021

Towards the sustainable discovery and development of new antibiotics

Miethke M, Pieroni M, Weber T, Brönstrup M, Hammann P, Halby L, Arimondo P, Glaser P, Aigle B, Bode H, …, Moser H, Müller R (2021)

Nature reviews. Chemistry 5 (10): 726-749DOI: 10.1038/s41570-021-00313-1

Distinct Patterns of Blood Cytokines Beyond a Cytokine Storm Predict Mortality in COVID-19

Herr C, Mang S, Mozafari B, Guenther K, Speer T, Seibert M, Srikakulam S, Beisswenger C, Ritzmann F, Keller A, …, Lepper P, Bals R (2021)

Journal of inflammation research 14: 4651-4667DOI: 10.2147/JIR.S320685

miRMaster 2.0: multi-species non-coding RNA sequencing analyses at scale

Fehlmann T, Kern F, Laham O, Backes C, Solomon J, Hirsch P, Volz C, Müller R, Keller A (2021)

Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkab268

2019

Clinical Resistome Screening of 1,110 Escherichia coli Isolates Efficiently Recovers Diagnostically Relevant Antibiotic Resistance Biomarkers and Potential Novel Resistance Mechanisms

Volz C, Ramoni J, Beisken S, Galata V, Keller A, Plum A, Posch A, Müller R (2019)

Front. Microbiol. 10DOI: 10.3389/fmicb.2019.01671

2016

StructMAn: annotation of single-nucleotide polymorphisms in the structural context

Gress A, Ramensky V, Büch J, Keller A, Kalinina O (2016)

Nucleic Acids Res 44 (W1): 463-8DOI: 10.1093/nar/gkw364

BALL-SNPgp-from genetic variants toward computational diagnostics

Mueller S, Backes C, Gress A, Baumgarten N, Kalinina O, Moll A, Kohlbacher O, Meese E, Keller A (2016)

Bioinformatics (Oxford, England) 32 (12): 1888-90DOI: 10.1093/bioinformatics/btw084

2007

Evidence for the mode of action of the highly cytotoxic Streptomyces polyketide kendomycin

Elnakady Y, Rohde M, Sasse F, Backes C, Keller A, Lenhof H, Weissman K, Müller R (2007)

ChemBioChem 8 (11): 1261-1272DOI: 10.1002/cbic.200700050