Andreas Keller studierte von 2002 bis 2006 Bioinformatik in Saarbrücken und promovierte anschließend bis 2009, ebenfalls in der Bioinformatik. Anschließend wechselte Keller in die Industrie und war unter anderem bis 2013 für Siemens Healthineers tätig. In Erlangen leitete er die Gruppe für Dignostic Innovations und habilitierte parallel in der Humangenetik des Uniklinikums Saarland. Seit 2013 ist Keller Professor für Klinische Bioinformatik an der Universität des Saarlandes und seit 2018 am HIPS assoziiert. Von 2019 bis 2021 war er Gastprofessor an der Stanford University in Kalifornien. Seit 2022 leitet er neben seiner Professur an der Universität auch die Abteilung Klinische Bioinformatik am HIPS.

Keller befasst sich in seiner Forschung mit Computer-gestützten Methoden zur Analyse von RNAs. Ein Fokus der Forschung liegt auf den regulatorischen Mechanismen nicht-kodierender RNAs und der Auswirkung verschiedener Einflussfaktoren auf das zeitlich und örtlich aufgelöste Einzelzell-Transkriptom. Ausgehend von der Erfahrung im Modellieren regulatorischer Einflüsse widmet sich Keller in seiner Abteilung am HIPS der Erforschung der Interaktion von Bakterien mit Menschen. Hierbei erforscht er den Austausch von Information und Material zwischen kommensalen und pathogenen Bakterien sowie deren Wirt. Ziel ist es, neue Naturstoffproduzenten und neue Naturstoffe zu finden, welche als Grundlage für die Entwicklung neuer Wirkstoffe dienen können. Der medizinische Schwerpunkt seiner Arbeit ist es, Alterungsprozesse und neurodegenerative Erkrankungen des Alters wie Alzheimer und Parkinson besser zu verstehen und zu beeinflussen.