Matthias Flotho studierte Bioinformatik an der Universität des Saarlandes. Während seines Masterstudiums arbeitete er als Hilfswissenschaftler und im Rahmen seiner Bachelor- und Masterarbeit am Lehrstuhl für klinische Bioinformatik. Im Anschluss daran hat er in der Forschungsgruppe von Dr. Fabian Kern seine Promotion begonnen. Bisher hat er sich mit Einzelzell RNA-Sequenzierung im Kontext von neurodegenerativen Erkrankungen beschäftigt. Seine Interessen liegen in der Forschung an neurologischen Erkrankungen und Alterungsprozessen mit Schwerpunkt auf der Anwendung und Entwicklung von Methoden zur Analyse von räumlich aufgelösten und Einzelzell RNA-Sequenzierungs Daten.