Dr. Fabian Kern
Über
Dr. Fabian Kern studierte Bioinformatik im Bachelor mit Wahl zur methodischen Vertiefung an der Universität des Saarlandes (UdS) und absolvierte danach erfolgreich den Masterstudiengang mit Auszeichnung (Honor’s degree) am Zentrum für Bioinformatik. Direkt im Anschluss begann er ein Promotionsstudium an der Medizinischen Fakultät der UdS in der Arbeitsgruppe Klinische Bioinformatik von Prof. Dr. Andreas Keller. Während seiner Zeit als Doktorand hat er an über 30 wissenschaftlichen, per peer-review begutachteten Studien mitgewirkt und zahlreiche Kooperation mit nationalen sowie internationalen Institutionen begründet. Seine naturwissenschaftliche Promotion zum Dr. rer. nat. schloss er mit Bestnote summa cum laude und der Dissertationsarbeit mit dem Titel „Algorithms and Applications for non-coding RNAs in Aging“ ab. Seit Frühjahr 2022 forscht er mit seiner Nachwuchsgruppe an neuen methodischen Ansätzen der Bioinformatik im Bereich Infektionsforschung und Antiinfektivaentwicklung mithilfe räumlich und zeitlich aufgelöster RNA-Sequenzierung, speziell im Einzel-zellverfahren.
2024
SRF transcriptionally regulates the oligodendrocyte cytoskeleton during CNS myelination
Iram T, Garcia M, Amand J, Kaur A, Atkins M, Iyer M, Lam M, Ambiel N, Jorgens D, Keller A, …, Kern F, Zuchero J (2024)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 121 (12)DOI: 10.1073/pnas.2307250121
ZEBRA: a hierarchically integrated gene expression atlas of the murine and human brain at single-cell resolution
Flotho M, Amand J, Hirsch P, Grandke F, Wyss-Coray T, Keller A, Kern F (2024)
Nucleic Acids Res 52 (D1): 1089-DOI: 10.1093/nar/gkad990
2023
Ageing-associated small RNA cargo of extracellular vesicles
Kern F, Kuhn T, Ludwig N, Simon M, Gröger L, Fabis N, Aparicio-Puerta E, Salhab A, Fehlmann T, Hahn O, …, Laschke M, Keller A (2023)
RNA biology 20 (1): 482-494DOI: 10.1080/15476286.2023.2234713
Zfp362 potentiates murine colonic inflammation by constraining Treg cell function rather than promoting Th17 cell differentiation
Herppich S, Hoenicke L, Kern F, Kruse F, Smout J, Greweling-Pils M, Geffers R, Burton O, Liston A, Keller A, Floess S, Huehn J (2023)
European journal of immunologyDOI: 10.1002/eji.202250270
Atlas of the aging mouse brain reveals white matter as vulnerable foci
Hahn O, Foltz A, Atkins M, Kedir B, Moran-Losada P, Guldner I, Munson C, Kern F, Pálovics R, Lu N, …, Keller A, Wyss-Coray T (2023)
CellDOI: 10.1016/j.cell.2023.07.027
Characterizing expression changes in noncoding RNAs during aging and heterochronic parabiosis across mouse tissues
Wagner V, Kern F, Hahn O, Schaum N, Ludwig N, Fehlmann T, Engel A, Henn D, Rishik S, Isakova A, …, Wyss-Coray T, Keller A (2023)
Nat BiotechnolDOI: 10.1038/s41587-023-01751-6
miEAA 2023: updates, new functional microRNA sets and improved enrichment visualizations
Aparicio-Puerta E, Hirsch P, Schmartz G, Kern F, Fehlmann T, Keller A (2023)
Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkad392
2022
Young CSF restores oligodendrogenesis and memory in aged mice via Fgf17
Iram T, Kern F, Kaur A, Myneni S, Morningstar A, Shin H, Garcia M, Yerra L, Palovics R, Yang A, …, Zuchero J, Wyss-Coray T (2022)
Nature 605 (7910): 509-515DOI: 10.1038/s41586-022-04722-0
BusyBee Web: towards comprehensive and differential composition-based metagenomic binning
Schmartz G, Hirsch P, Amand J, Dastbaz J, Fehlmann T, Kern F, Müller R, Keller A (2022)
Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkac298
PLSDB: advancing a comprehensive database of bacterial plasmids
Schmartz G, Hartung A, Hirsch P, Kern F, Fehlmann T, Müller R, Keller A (2022)
Nucleic Acids Res 50 (D1): 273-DOI: 10.1093/nar/gkab1111
2021
miRMaster 2.0: multi-species non-coding RNA sequencing analyses at scale
Fehlmann T, Kern F, Laham O, Backes C, Solomon J, Hirsch P, Volz C, Müller R, Keller A (2021)
Nucleic Acids ResDOI: 10.1093/nar/gkab268